- DBCat
DBCat是生物信息数据库的目录数据库，它收集了500多个生物信息学数据库的信息，并根据它们的应用领域进行了分类
- GenBank
核酸序列数据库
- PDB
蛋白质三维结构。 PDB中含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构（蛋白质、核酸、糖类、其他复合物）
- SWISS-PROT
蛋白质序列数据库. SWISS-PROT是目前国际上比较权威的蛋白质序列数据库,其中的蛋白 质序列是经过注释的
- PIR
蛋白质序列数据库 : 帮助研究者鉴别和解释蛋白质序列信息， 研究分子进化、功能基因组. 它是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库. 所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分类。
- OWL
非冗余蛋白质序列
- TrEMBL
EMBL的翻译数据库
- PROSITE
蛋白质功能位点
- SWISS-MODEL
从序列模建结构
- SWISS-3DIMAGE
三维结构图示
- DSSP
蛋白质二级结构参数
- FSSP
已知空间结构的蛋白质家族
- SCOP
蛋白质分类数据库
- CATH
蛋白质分类数据库