发布于 2024-04-18 15:55:53

MIMIC数据库，如何统计特定icd代码超过特定年龄的患者住院记录数？

一，获取患者的真实年龄

mimiciv数据库为了保护患者的隐私，并没有直接记录患者的真实年龄，patients表中记录了两个关于年龄的字段：

anchor_age：患者相对anchor_year的相对年龄。

anchor_year：计算患者年龄的基准年份。

anchor_age并不是患者的入院时的真实年龄，而是根据anchor_year做了偏移，真实年龄的计算公式是：

患者的真实年龄=anchor_age+患者的入院时间-anchor_year

上图中的ROUND函数是将年龄转为2位小数。

上图小编使用到了DATETIME_DIFF函数，该函数为mimiciv官方函数，作用是求两个时间的差，这个函数小编是安装在mimiciv_derived模块中，如果大家不是安装在这个模块中，请把函数前缀替换成自己的模块名哈。

SELECT ad.subject_id, -- 患者表中记录的是年龄是脱敏数据，是一个相对年龄，必须经过转换才可得出患者的真实年龄 -- 年龄计算公式为患者相对年龄+患者入院时间年份-偏移年份 MAX(ROUND(pa.anchor_age + mimiciv_derived.DATETIME_DIFF(ad.admittime, mimiciv_derived.DATETIME(pa.anchor_year, 1, 1, 0, 0, 0), 'YEAR'),2)) AS age

FROM admissions ad, patients pa WHERE ad.subject_id = pa.subject_id GROUP BY ad.subject_id

二、查询30岁以上高血压患者

-- 统计特定icd代码超过特定年龄的患者人数
-- Count the number of patients with a specific icd9 code above a certain age
WITH agetbl AS 
	(
	SELECT ad.subject_id,
	-- 患者表中记录的是年龄是脱敏数据，是一个相对年龄，必须经过转换才可得出患者的真实年龄
    -- 年龄计算公式为 患者相对年龄+患者入院时间年份-偏移年份
    MAX(ROUND(p.anchor_age + mimiciv_derived.DATETIME_DIFF(ad.admittime, 
    mimiciv_derived.DATETIME(p.anchor_year, 1, 1, 0, 0, 0), 'YEAR'),2)) AS age 
	FROM mimiciv_hosp.admissions ad 
	INNER JOIN mimiciv_hosp.patients p 
	ON ad.subject_id = p.subject_id 
-- 	WHERE 
-- 	-- filter to only adults above 30
-- 	DATETIME_DIFF(ad.admittime, p.dob, YEAR) > 30
-- 	-- group by subject_id to ensure there is only 1 subject_id per row
	GROUP BY ad.subject_id
	) 
SELECT dia.subject_id, COUNT(DISTINCT dia.subject_id) AS "Hypertension Age 30+ 患者数", age  
from mimiciv_hosp.diagnoses_icd dia 
INNER JOIN agetbl 
ON dia.subject_id = agetbl.subject_id 
WHERE dia.icd_code 
-- 401% relates to Hypertension
LIKE '401%' -- 以高血压病患者为例
AND age > 30
GROUP BY dia.hadm_id, dia.subject_id, agetbl.age