发布于 2024-04-18 19:12:17

MIMIC数据库，如何查询住院病人尿素氮(BUN)值的分布?

BUN一般指尿素氮。尿素氮又称血尿素氮，是机体蛋白质的代谢终末产物，是一项检测肾小球的滤过功能的指标，一般在肾功能不全的失代偿期时或氮质血症时，血尿素氮会明显升高。进行该项指标的测定，主要用于诊断各种原发性和继发性肾小球肾炎、肾肿瘤、多囊肾等导致的慢性肾衰竭，急性肾衰竭等疾病，还可以作为肾衰竭时透析的评估充分性指标。

正常指标成人正常值是3.2~7.1mmol/L，婴儿、儿童正常值是1.8~6.5mmol/L。需要注意的是，由于仪器精度不同、实验方法不同、实验室不同等因素的影响，不同医疗机构出具的化验单参考值可能存在差异。

MIMIC数据库中，住院病人信息主要存储在admissions表，实验室指标信息主要存储在labevents表，我们从这两个表入手查询

一，获取患者的真实年龄

mimiciv数据库为了保护患者的隐私，并没有直接记录患者的真实年龄，patients表中记录了两个关于年龄的字段：

anchor_age：患者相对anchor_year的相对年龄。

anchor_year：计算患者年龄的基准年份。

anchor_age并不是患者的入院时的真实年龄，而是根据anchor_year做了偏移，真实年龄的计算公式是：

患者的真实年龄=anchor_age+患者的入院时间-anchor_year

上图中的ROUND函数是将年龄转为2位小数。

上图小编使用到了DATETIME_DIFF函数，该函数为mimiciv官方函数，作用是求两个时间的差，这个函数小编是安装在mimiciv_derived模块中，如果大家不是安装在这个模块中，请把函数前缀替换成自己的模块名哈。

SELECT ad.subject_id, -- 患者表中记录的是年龄是脱敏数据，是一个相对年龄，必须经过转换才可得出患者的真实年龄 -- 年龄计算公式为患者相对年龄+患者入院时间年份-偏移年份 MAX(ROUND(pa.anchor_age + mimiciv_derived.DATETIME_DIFF(ad.admittime, mimiciv_derived.DATETIME(pa.anchor_year, 1, 1, 0, 0, 0), 'YEAR'),2)) AS age

FROM admissions ad, patients pa WHERE ad.subject_id = pa.subject_id GROUP BY ad.subject_id

二、查询血尿素氮

我们知道血尿素氮在labevents表，我们需要从中获取到itemid 是51006

实验室生物检测结果实验室检测事件数据，记录了与患者实验室检测结果相关的信息，如检测时间、检验指标、结果值等。

实验室事件表存储对单个患者进行的所有实验室测量的结果。其中包括血液学测量、血气、化学检测以及基因检测等不太常见的测试。

此表包含了病患的实验室生物检测结果，包括各种生化、血液和其他类型的检测结果

labevent_id：实验室检查记录的唯一标识符。
subject_id：患者的唯一标识符。
hadm_id：入院号，指患者的住院标识符。
specimen_id：样本的唯一标识符。
itemid：检查项目的唯一标识符。
order_provider_id：检查申请提供者的唯一标识符。
charttime：记录时间，指实验室检查记录的时间。
storetime：存储时间，指实验室检查记录被存储的时间。
value：检查结果值。
valuenum：检查结果数值。
valueuom：检查结果单位。
ref_range_lower：参考范围下限。
ref_range_upper：参考范围上限。
flag：检查结果标记，指示该结果是否异常。
priority：检查优先级。
comments：注释，包含有关实验室检查结果的其他信息

WITH agetbl AS
(
    SELECT ad.subject_id,
		-- 患者表中记录的是年龄是脱敏数据，是一个相对年龄，必须经过转换才可得出患者的真实年龄
    -- 年龄计算公式为 患者相对年龄+患者入院时间年份-偏移年份
		 MAX(ROUND(p.anchor_age + mimiciv_derived.DATETIME_DIFF(ad.admittime, 
    mimiciv_derived.DATETIME(p.anchor_year, 1, 1, 0, 0, 0), 'YEAR'),2)) AS age
    FROM mimiciv_hosp.admissions ad
    INNER JOIN mimiciv_hosp.patients p
    ON ad.subject_id = p.subject_id
			-- WHERE
     -- filter to only adults
			--  mimiciv_derived.DATETIME_DIFF( p.dod, ad.admittime, 'YEAR') > 15
    -- group by subject_id to ensure there is only 1 subject_id per row
    group by ad.subject_id
)
, bun as
(
  SELECT width_bucket(valuenum, 0, 280, 280) AS bucket, *
  FROM mimiciv_hosp.labevents le
  INNER JOIN agetbl
  ON le.subject_id = agetbl.subject_id
  WHERE itemid IN (51006) -- 血尿素氮 BUN
	AND age > 15  -- 一般认为15岁以上区别儿童比较有研究意义
)
SELECT bucket as blood_urea_nitrogen, count(*), age
FROM bun
GROUP BY bucket,age
ORDER BY bucket, age;