发布于 2024-04-18 10:58:11

MIMIC数据库，如何提取患者的治疗信息(药物治疗和非药物治疗)?

MIMIC数据库的治疗信息提取，分药物治疗及非药物治疗数据。

会python的同学可以看这篇文章：

MIMIC数据库，使用Python研究万古霉素的剂量（一）

我们来看看药物治疗的药物相关信息如何直接SQL提取

我们以第一次入住ICU肺栓塞患者是否使用万古霉素为例

一、找出万古霉素itemid，联表inputevents查询

drug：药物的名称
numobs：药物数量

以下内容将被删除，因为我们只关注静脉注射的万古霉素：

Vancomycin 25mg/mL Ophth Soln - eye use

万古霉素 25mg/mL Ophth Soln - 眼睛使用

Vancomycin Enema - rectal use

万古霉素灌肠 - 直肠使用

Vancomycin Intrathecal - cerebral spinal fluid injection

鞘内注射万古霉素 - 脑脊髓液注射

Vancomycin Intraventricular - cerebral shunt injection

脑室内注射万古霉素 - 脑分流注射

Vancomycin Oral Liquid - oral use

万古霉素口服液 - 口服使用

Vancomycin fortified opthalmic- eye use

万古霉素强化眼科 - 眼睛使用

Vancomycin ophthalmic 50mg/ml - eye use

万古霉素眼用 50mg/ml - 眼睛使用

Vancomycin ophthalmic solution - eye use

万古霉素滴眼液 - 眼睛使用

vancoMYCIN for inhalation - nasal use

吸入用万古霉素 - 鼻腔使用

vancoMYCIN for nasal inhalation - nasal use

鼻吸入用万古霉素 - 鼻腔使用

添加SQL

drug in 
(
     'NEO*IV*Vancomycin', 'Vancocin', 'Vancomycin',
     'Vancomycin ', 'Vancomycin Antibiotic Lock',
     'Vancomycin Desensitization', 'Vancomycin HCl'
)

接下来，我们需要确定保留实验室事件labevents表和d_items表中的哪些itemid

我们只需要Trough值的万古霉素

所以我们可以给SQL加上

itemid in 
(
     227455, 225798, 226064
)

所以我们知道了itemid是225798

二、从输出表获取检查数据mimiciv_icu.inputevents表

这段代码用到了SQL代码的Groud by函数聚合，不理解的同学查看这两篇文章

MIMIC数据库，常用查询指令SQL基础(一)

MIMIC数据库，常用查询SQL基础(二)

补充下groud by函数的使用语法
SELECT column1, column2, aggregate_function(column3)

FROM table_name

GROUP BY column1, column2;

在这个语法中：
column1和column2是您希望根据其值进行分组的列。
aggregate_function是您希望对每个组应用的聚合函数，比如SUM、AVG、COUNT等。
column3是您希望对其应用聚合函数的列。
GROUP BY子句将相同值的行分组到一起，并将它们视为一个组。然后，对每个组应用聚合函数，并将计算结果作为查询结果的一部分返回。

代码解释：

创建了一个名为t1的表，其中包含了被诊断为肺栓塞的患者的subject_id和hadm_id。这是通过查询mimiciv_hosp.diagnoses_icd表中具有特定诊断代码（'41519','I2699','41511','41512','I2692','I2690','41513','I2609','I2694','I2602','I2693','67382'）的记录来实现的。
然后，使用t1表，通过内连接（INNER JOIN），将t1表与mimiciv_derived.icustay_detail表连接，获取了包含了肺栓塞患者的ICU停留详细信息的结果集。只选择了第一次进入ICU的记录（i.first_icu_stay='t'）。
最后，创建了一个名为y2的表，其中包含了肺栓塞患者接受万古霉素治疗的信息。通过左连接（LEFT JOIN）将t1表与mimiciv_icu.inputevents表连接，条件是患者的subject_id和stay_id相匹配，并且万古霉素的itemid为'225798'。然后，对符合条件的记录按照subject_id、hadm_id、stay_id和icu_intime进行分组。在分组的基础上，对万古霉素的剂量进行汇总，并使用CASE语句将剂量总和不为空的记录标记为1，为空的记录标记为0。

结果：这样我们就能根据患者在icu期间万古霉素使用总剂量是否为0，将肺栓塞患者分为使用万古霉素组与非使用万古霉素组。

mimic数据库使用介绍：

MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（上）

MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（下）