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MIMIC数据提取教程 , 如何提取患者入ICU后第一个WBC和SpO2值

 

阅读本文建议先看这篇,里面有相关sql基础的解释

MIMIC数据提取教程 - 提取患者首次入ICU数据

一般情况下,我们也不会关心患者的所有临床指标,我们就再具体一些,比如: 如何提取患者入ICU后第一个WBC和SpO2值

WBC: white blood cell 白细胞, 对应itemid 51300, 51301

SpO2:血氧饱和度/脉氧饱和度 对应itemid 646 和 220277

 

 

 

涉及三个表格:

1,icustay记录了所有住ICU患者的id和住ICU时间和出ICU时间。

 

 

2,labevents记录了所有患者(包括没有住ICU的患者)的实验室检查。

 

 

3,chartevents记录了所有ICU患者的生命体征。

 

 

 

目标是所有住ICU患者,所以以icustay表里面记录的数据为准,三张表格共有的值为subject_id(每个患者的唯一号),以此把三个表链接起来

 

 

 

如图,对应着同一个住ICU记录stay_id(30000153), 这个病人有很多次WBC白细胞检查记录,这里我们已经按照时间做了排序

那么我们加上一列序号。那么下面就是只选第一个就行了

即:把现在的结果通过with保存为临时表再筛选。

 

 

 

 

 

对SpO2可以同样操作,只是把labevents表换成chartevents就行了,最后把两个表连接起来就可以了

 

 

 

 

 

 

关注公众号【科研收录】发送 "WBC和SpO2"获得完整代码

 

 

在navicat里面,你检索出结果后会有一个导出结果按钮

ps: 有的同学表示下载的navicat不好用, 后台回复"navicat"获取破解版,附安装教程

 

 

 

 

 

支持导出不同格式

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

另外很多人导出为excel时会遇到这样一个错误, 其实是因为excel,只支持65535行。新冠刚出来的时候不是有个新闻说英国疾控部门用excel来统计新冠病人数据,因为超过65535行的限制导致病人漏统计了嘛?所以导出csv或者其他格式就不会存在这个问题。

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