发布于 2024-04-18 19:10:15

MIMIC-IV数据库，患者随访时间如何获取？

我们在阅读MIMIC-IV数据库相关SCI论文时候，经常看到这样的以患者28天为随访时间的截断点开展的研究

《脓毒症患者血红蛋白与 28 天死亡率的相关性：使用 MIMIC-IV 数据库进行二次数据挖掘》

《PaO2/FiO2 与脓毒症患者 28 天死亡率独立相关：来自 MIMIC-IV 数据库的回顾性分析》

《红细胞分布宽度可改善脓毒症引起的急性肾损伤患者 28 天死亡率的预测：使用倾向评分匹配对 MIMIC-IV 数据库进行回顾性分析》

《基于MIMIC-IV数据库的六项危重症评分对综合专科重症监护病房患者28天死亡风险的预测价值》

在SCI论文中比较常用的随访时间截断点是28天、90天、12个月等。

那么患者在数据库中的随访时间如何获得呢？首选需要明确计算随访时间需要明确患者的入院时间及院外随访时间（在MIMIC数据库中列名为dod)，它在mimiciv_hosp模块patients表中

mimiciv_hosp的admissions表里面的admittime、dischtime、deathtime分别表示患者的入院时间、出院时间、院内死亡时间（Null表示患者在院内未发生死亡）

mimiciv_hosp的patients表里面的dod即为患者院外至少随访1年的时间（有部分患者甚至随访4年），若在随访时间段内发生死亡，则会记录患者的死亡时间，若为Null值则表示在随访时间内患者未发生死亡。

--hosp:肺栓塞住院病人提取人口统计学信息
--y1表示符合肺栓塞病人名单
with y1 as (SELECT d.subject_id,d.hadm_id
from mimiciv_hosp.diagnoses_icd d
WHERE d.icd_code in ('41519','I2699','41511','41512','I2692','I2690','41513','I2609','I2694','I2602','I2693','67382')
),
--将y1与admssion表内连接，并提取admssion表的所有人口统计学信息到y2表
 y2 as (SELECT a.*
FROM y1
inner join mimiciv_hosp.admissions a 
on y1.subject_id=a.subject_id AND y1.hadm_id=a.hadm_id 
),
--在y2的基础上将患者年龄合并进来
y3 as (SELECT y2.*,ag.age
FROM y2
LEFT JOIN mimiciv_derived.age ag
on y2.subject_id=ag.subject_id AND y2.hadm_id=ag.hadm_id 
)
--将y3与patients表左连接合并
SELECT y3.*,p.gender,p.dod
FROM y3
LEFT JOIN mimiciv_hosp.patients p on y3.subject_id=p.subject_id

代码解释：

y1 子查询：

该部分使用了 mimiciv_hosp.diagnoses_icd 表，该表包含了患者的诊断信息，使用 ICD-10 编码。
通过 WHERE 子句，选择了符合肺栓塞病人的记录，ICD-10 编码包括 '41519','I2699','41511','41512','I2692','I2690','41513','I2609','I2694','I2602','I2693','67382'。
结果存储在临时表 y1 中，包括 subject_id 和 hadm_id。

y2 子查询：

通过将 y1 与 mimiciv_hosp.admissions 表进行内连接，获取符合肺栓塞病人的入院信息。
选择了 admissions 表的所有列，并将结果存储在临时表 y2 中。

y3 子查询：

在 y2 的基础上，通过左连接将患者的年龄信息合并进来。
使用了一个名为 mimiciv_derived.age 的派生表，通过 LEFT JOIN 连接，关联了 subject_id 和 hadm_id。
结果包括 y2 中的所有列以及患者的年龄信息，存储在临时表 y3 中。