MIMIC数据提取教程 - 如何提取患有肥胖症疾病的患者?

有同学问想提取某种疾病患者数据，我们这里以肥胖症obesity为例

一、 首先获取肥胖症(obesity)相关的icd编码

跟Obesity相关的疾病有：24个icd code

以"V"开头的ICD9编码是利用BMI来衡量是否肥胖的。BMI为身体质量指数。

V778 肥胖筛查

我们也可以先翻译下d_icd_diagnoses表，给long_title后面添加一个cn 翻译后的字段， 然后再筛选， 这样可以用中文筛选

二、在 diagnoses_icd表里面提取有相关疾病的患者subject_id

 

 

 

两层嵌套查询，内层提取患者是否患有肥胖疾病。由于其中有一些患者不仅被一种ICD编码所标记，所以可能存在重复；由于其中有一些患者可能多次住院，其是否肥胖随时间更改，所以可能出现数据不一致。因此外层循环利用group来确定患者是否曾被确诊为肥胖疾病。

补充：ICD9码为确诊肥胖疾病的患者，以"V"开头的ICD9编码是利用BMI来衡量是否肥胖的。BMI为身体质量指数

代码比较简单，看图片敲吧，不提供下载了