MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数(一)
mimic数据库中有非常多的指标是需要根据时间计算出来, 跟时间有关的指标都需要通过官方的时间函数进行计算得出
MIMIC数据库常用的几个时间计算函数如下
一、DATETIME_DIFF函数
1.1 实例:获取某个患者在ICU待了多少个小时
如果要以天为单位,datepart参数换成'DAY'
结果保留两位小数
结果保留整数
1.2 实例:统计同等大小入院组的入院人数 (等宽直方图展示)
with base1 as (
SELECT
mimiciv_de...
MIMIC-IV数据库, 如何提取患者入院第一天的全部血乳酸值?
一、 提取PE的实验室指标血乳酸及检测时间
首先我们先找到mimic官方提供的可视化视图, mimiciv_derived
关于这方面不了解的可以看这个回答: MIMIC-IV数据库, 什么是mimiciv_derived可视化视图?
我们先找到mimiciv_derived.bg表, 它主要涵盖血气相关指标:
提取血乳酸及检测时间:
--提取PE的实验室指标血乳酸及检测时间
--提取肺栓塞的名单
with y1 as (SELECT d.subject_id,d.hadm_id
from mimi...
MIMIC-IV官方视图解析 - cardiac_marker心脏标记表
今天在学习官方衍生表mimiciv_derived.cardiac_marker心脏标记表时候发现了一些问题:该表中troponin_t (肌钙蛋白t)的值结果都是空值null 或者 ___ (由于去标识化), 这明显是不合理的
小编查看了该表的官方生成sql。
几乎每个值都是 ___ (由于去标识化),因此派生表具有所有空值。然而 valuenum 列具有实际数据,因此我们应该更改代码以使用 valuenum
我来看下更改后的结果:
-- begin query that ext...
MIMIC-IV数据分析 - 使用R语言探索icustay_detail视图
MIMIC Ⅳ数据库在MIMIC Ⅲ的基础上做了一些更新,收集了2008至2019年BIDMC收治的超过19万名患者、45万次住院记录的临床数据。
主要使用ggplot2来可视化icustay_detail视图,做一下数据探索
icustay_detail视图是官方代码生成的视图
由以下SQL生成,本章我们不讲解生成的SQL具体语义(后面进一步讲解mimic数据提取时候讲解)
关于如何生成官方物化视图查看以往文章
手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV物化视图
MIMIC-IV数据库衍生...
MIMIC-IV数据库, 如何提取肝硬化患者信息?
首先,查询肝硬化的诊断 icd-code 。肝硬化:cirrhosis。
-- 相关疾病信息保存到diseases
-- 肝硬化患者数量
WITH diseases AS (
-- cirrhosis
SELECT icd_code, icd_version, long_title FROM MIMICIV_HOSP.D_ICD_DIAGNOSES WHERE long_title like '%cirrhosis%'
)
-- 然后,我们可以使用这个子查询来联合查询用户表,并计算指定疾病...