MIMIC-IV数据库更新到3.0版本
一、数据扩充
住ICU人数增加了30%不到，但是对应的特护单（chartevents表格）体积增加了接近50%，应该新增病人的数据颗粒度要比以前更细。
项目
2.2
3
时间跨度
2008-2019
2008-2022
患者人数
299,712
364,627
住院人数
431,231
546,028
住ICU人数
73,181
94,458
此次更新最显著的变化是新增了2020年至2022年期间的住院数据。新增数据的具体情况如下：
患者数：从v2.2的299,7...
文献分享 | MIMIC数据库+机器学习方法+糖尿病酮症酸中毒+风险预测模型=IF 5.2分
原论文下载： https://www.frontiersin.org/journals/endocrinology/articles/10.3389/fendo.2024.1344277/pdf
今天跟大家一起精读一篇2024年发表于FRONTIERS IN ENDOCRINOLOGY (IF：5.2)的研究性文章Feature selection and risk prediction for diabetic patients with ketoacidosis based on MIMI...
MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数（一）
mimic数据库中有非常多的指标是需要根据时间计算出来， 跟时间有关的指标都需要通过官方的时间函数进行计算得出
MIMIC数据库常用的几个时间计算函数如下
一、DATETIME_DIFF函数
1.1 实例：获取某个患者在ICU待了多少个小时
如果要以天为单位，datepart参数换成'DAY'
结果保留两位小数
结果保留整数
1.2 实例：统计同等大小入院组的入院人数 （等宽直方图展示）
with base1 as (
SELECT
mimiciv_de...
MIMIC数据库文献分享： 使用机器学习通过降低呼气末正压水平来预测机械通气成功脱机
Predicting Successful Weaning from Mechanical Ventilation by Reduction in Positive End-expiratory Pressure Level Using Machine Learning
摘要
在重症监护病房 (ICU) 中，使患者脱离机械通气 (MV) 是一个关键且资源密集的过程，会影响患者的治疗结果和医疗费用。不同提供者的断奶方法差异很大。
MV 延长与不良事件和更高的医疗费用相关。预测脱机准备情况是一个重要的过程，...
MIMIC-IV数据库， 如何提取患者入院第一天的全部血乳酸值?
一、 提取PE的实验室指标血乳酸及检测时间
首先我们先找到mimic官方提供的可视化视图， mimiciv_derived
关于这方面不了解的可以看这个回答： MIMIC-IV数据库， 什么是mimiciv_derived可视化视图?
我们先找到mimiciv_derived.bg表， 它主要涵盖血气相关指标：
提取血乳酸及检测时间：
--提取PE的实验室指标血乳酸及检测时间
--提取肺栓塞的名单
with y1 as (SELECT d.subject_id,d.hadm_id
from mimi...
MIMIC-IV官方视图解析 - cardiac_marker心脏标记表
今天在学习官方衍生表mimiciv_derived.cardiac_marker心脏标记表时候发现了一些问题：该表中troponin_t （肌钙蛋白t）的值结果都是空值null 或者 ___ （由于去标识化）， 这明显是不合理的
小编查看了该表的官方生成sql。
几乎每个值都是 ___ （由于去标识化），因此派生表具有所有空值。然而 valuenum 列具有实际数据，因此我们应该更改代码以使用 valuenum
我来看下更改后的结果：
-- begin query that ext...
MIMIC-IV数据分析 - 使用R语言探索icustay_detail视图
MIMIC Ⅳ数据库在MIMIC Ⅲ的基础上做了一些更新，收集了2008至2019年BIDMC收治的超过19万名患者、45万次住院记录的临床数据。
主要使用ggplot2来可视化icustay_detail视图，做一下数据探索
icustay_detail视图是官方代码生成的视图
由以下SQL生成，本章我们不讲解生成的SQL具体语义（后面进一步讲解mimic数据提取时候讲解）
关于如何生成官方物化视图查看以往文章
手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV物化视图
MIMIC-IV数据库衍生...
MIMIC-IV数据库， 如何提取肝硬化患者信息?
首先，查询肝硬化的诊断 icd-code 。肝硬化：cirrhosis。
-- 相关疾病信息保存到diseases
-- 肝硬化患者数量
WITH diseases AS (
-- cirrhosis
SELECT icd_code, icd_version, long_title FROM MIMICIV_HOSP.D_ICD_DIAGNOSES WHERE long_title like '%cirrhosis%'
)
-- 然后，我们可以使用这个子查询来联合查询用户表，并计算指定疾病...
MIMIC-IV常用数据结构 —— ICU 模块
ICU 模块介绍
（a）caregiver
caregiver_id引用的ICU模块中ICU护理人员的描述表。从MIMIC-IV v2.2开始，此表只是列出了数据库中所有唯一的caregiver_id。 请注意，为了区分全医院EHR中使用的标识符与ICU信息系统中使用的标识，我们为ICU采用了“护理人员”的命名法（caregiver_id和护理人员）。对于hosp模块中的医院数据，我们使用“提供者”（provider_id和providers）的术语。然而，从概念上讲，这两组标识符和表格都指的是医院的执业提...
MIMIC-IV常用数据结构 —— hosp模块
MIMIC IV常用数据说明
MIMIC Ⅳ数据库主要有三类数据：
第一类是从医院电子病历系统 (EHR，electronic health record)中提取的临床数据，包括患者的人口统计学、疾病诊断、实验室检测、药物治疗、生命体征等。
第二类是ICU床旁监护设备采集的波形数据、生命体征、液体管理和事件记录，主要来自于IMDSoft MetaVision系统。
第三类是死亡随访数据，通过社会保险系统得到患者院外死亡的日期，作为MIMIC 数据库的组成部分，这部分数据对研究患者的预后很重要。
MIMIC-...
MIMIC数据库文献分享：MIMICIV+辅助供氧的种族差异=JAMA INTERN MED （IF：44.409）
今天跟大家分享一篇2022年发表在JAMA Internal Medicine（IF=44.409）上基于MIMIC-IV数据库的文献。
Assessment of Racial and Ethnic Differences in Oxygen Supplementation Among Patients in the Intensive Care Unit
中文：《重症监护病房患者补氧方面的种族和民族差异评估》
背景
近红外脉搏血氧仪（SpO2）一直用于非侵入性经皮监测动脉血氧饱和度，但它可...
MIMIC数据库文献分享：相关性分析时亚组分析
今天跟大家分享一篇2024年1月份发表在BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY（IF=7.5）上基于MIMIC数据库的研究。
《Hydrocortisone-associated death and hospital length of stay in patients with sepsis: A retrospective cohort of large-scale clinical care data》
中文：水皮质酮与败血症患者死亡和住院时间相关性:大规模临床数据回顾性队列研究
...
MIMIC数据库下载权限申请保姆级教程（上）
MIMIC数据库介绍
MIMIC数据库是由麻省理工学院开发的一个医疗保健数据库，包含了来自波士顿地区的真实患者数据。Mimic数据库可用于医学研究和教育，包括机器学习、数据挖掘和人工智能等领域。该数据库包含超过60万名患者的临床数据，包括电子病历、生理监测数据和医学图像等。研究人员可以使用Mimic数据库进行医学研究，并在SCI期刊上发表论文。
MIMIC数据库下载权限申请
MIMIC数据库下载权限申请主要分为以下两步：
1，通过CITI PROGRAM的考试，获得考试报告。
2，在MIMIC官网进...
MIMIC数据库安装保姆级教程（上）
安装前准备
安装mimic数据库前，我们需要先准备以下工具：
1，postgres数据库安装包；
2，7z安装包；
3，mimiciv数据安装脚本；
4，mimiciv数据集；
为了方便同学们学习，小编已经把上述需要的软件已经整理好了，关注“科研收录”公众号，后台回复"mimic安装"就可以获取下载地址。
安装Postgres数据库
mimic官方推荐使用postgres数据库进行数据分析。
01
安装postgres
双击打开安装postgres安装包，然后选择“是”
点击"Ne...
MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明
一、MIMIC IV数据库简介
MIMIC数据库就是一个可为临床研究者提供临床数据的利器。该数据库于2003年在美国国立卫生研究院的资助下，由美国麻省理工学院计算生理学实验室、美国哈佛医学院贝斯以色列女执事医疗中心(Beth Israel Deaconess Medical Center，BIDMC)和飞利浦医疗公司共同建立。
研究者可根据一定的纳排标准筛选感兴趣患者的临床信息，利用这些信息可进行后续的数据分析然后撰写文章，通过数据收集与分析可作为发表sci论文的重要依据。另外，MIMIC是一个公开数据库，...
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科研收录专注公共数据库挖掘MIMIC、HHANES、NCDB、SEER等学交流平台
Figshare数据共享平台Figshare平台服务学科多样，以生物学为基础，在Digital Science公司支持下，现已发展为包含生物学在内的将近30多种学科，如医学、地理学、物理学、人文学、天文学等，主要以生物学和医学为主，覆盖整个科学研究领域。平台接受多种格式的科研数据，提供了当前学术出版所不具备的一种文件共享模式。平台给所有对象分配唯一的DOI号，采用Creative Commons许可协议共享数据，大大减少了版权纠纷，可供全球科学家存取、共享信息，并采用基于云的数据管理系统来保证数据存储的安全和可靠性，还为用户提供权限设置的功能，用户自行决定对其科研数据、音频、论文和视频等研究成果是否公开。
PLOS Digital HealthPLOS是一家非营利性的开放获取出版商，通过引领研究交流的变革，使研究人员能够加速科学和医学的进步
eICU-CRD涵盖了20家大型医院2014-2015年间，超过20万名入住重症监护病房患者的住院相关的数据，涉及心内ICU，胸外ICU，内科ICU，神经外科ICU等数据。
- PhysioNet
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