MIMIC-IV常用数据结构 —— hosp模块

MIMIC IV常用数据说明

MIMIC Ⅳ数据库主要有三类数据：

第一类是从医院电子病历系统 (EHR，electronic health record)中提取的临床数据，包括患者的人口统计学、疾病诊断、实验室检测、药物治疗、生命体征等。

第二类是ICU床旁监护设备采集的波形数据、生命体征、液体管理和事件记录，主要来自于IMDSoft MetaVision系统。

第三类是死亡随访数据，通过社会保险系统得到患者院外死亡的日期，作为MIMIC 数据库的组成部分，这部分数据对研究患者的预后很重要。

MIMIC-IV数据库主要分为两个模块，分别是 Hosp 模块和 ICU 模块（其他模块本文不做讲解）

（1）Hosp 模块介绍

Hosp模块提供从医院范围内的电子健康记录中获取的所有数据，这些数据主要在住院期间记录，有一些表格也包括来自医院外的数据。所涵盖的信息包括患者和入院信息、实验室测量、微生物学、药物管理和收费诊断等。

（a）omr（医疗记录表）

在线医疗记录（OMR）表记录了电子健康记录中的杂项信息。

SELECT * FROM omr LIMIT 100;

知识点：

（1）subject_id。好比病人的身份证，唯一的。另有hadm_id，为入院编号。

subject_id 每个患者有唯一的subject_id。

hadm_id 患者的每一次入院会有一个唯一的hadm_id。

transfer_id 患者每一次更换病房会有一个唯一的transfer_id。

stay_id 在相同类型病房内进行转移，则会更新一个transfer_id，但会有相同的stay_id，例如用ICU中的一个病房转移到另一个病房，则stay_id不变，transfer_id更新。

所有id的分配都是随机的，与时间先后无关。

（2）chartdate与storetime。前者是观察记录的时间，后者是存档的时间。同一事，前者早于后者。chartdate与charttime。前者精确到日期，后者精确到分钟。

注意：charttime与storetime不一样，一个是实际上用药的时间，一个是记录用药的时间。研究中，charttime用的多。

（b）provider（提供者编号表）

提供表列出了数据库中使用的提供者标识符，此表只有一个字段属性。

SELECT * FROM provider LIMIT 100;

（c）admissions（入院信息表）

入院表提供了有关患者入院的信息。由于患者每次唯一的医院就诊都被分配了一个唯一的hadm_id，因此入院表可以被视为hadm_id的定义表。可用信息包括入院和出院的时间信息、人口统计信息、入院来源等。

知识点：

（1）保险、语言、婚姻状况和种族列提供了特定住院患者的人口统计信息。请注意，由于每次入院都会记录这些数据，因此这些数据可能会随住院时间而变化。

（2）患者入院信息， 以每次入院为单位记录， 每条记录有一个单独的hadm_id, hospital_expire_flag只当次住院是否院内死亡， 部分院内死亡患者没有deathtime, 可能是数据库本身问题.

SELECT * FROM admissions LIMIT 100;

（d）d_hcpcs（代码定义表）

d_hcpcs表用于获取hcpcsevents表中使用的代码定义。这些概念主要对应于医院计费，并且大多是CPT代码。注意：并非所有代码定义都可用。

SELECT * FROM d_hcpcs LIMIT 100;

（e）d_icd_diagnoses（诊断代码索引表）

d_icd_diagnostics表定义了国际疾病分类（ICD）第9版和第10版的诊断代码。这些代码在患者住院结束时获得，用于支付医院所提供的护理费用。

SELECT * FROM d_icd_diagnoses LIMIT 100;

（f）d_icd_procedures（手术操作索引表）

d_icd_procedures表定义了国际疾病分类（ICD）程序代码。这些代码在患者住院结束时分配，用于支付医院所提供的护理费用。

SELECT * FROM d_icd_procedures LIMIT 100;

（g）d_labitems（化验项目索引表）

d_labitems表是对所有化验项目的描述。d_labitems表包含了与MIMIC数据库中的实验室测量相关联的所有itemid的定义。labelvents中的所有数据都链接到d_labitems表。医院数据库中的每个唯一（流体、类别、标签）元组都在该表中分配了一个条目ID，使用该条目ID有助于高效存储和查询数据。 其中实验室数据包含收集并记录在医院实验室数据库中的信息。这包括在医院内的病房和医院外的诊所进行的测量。

SELECT * FROM d_labitems LIMIT 100;

（h）diagnoses_icd（诊断代码表）

在常规医院护理期间，医院会向患者收取与住院相关的诊断费用。该表包含患者在住院期间使用ICD-9和ICD-10本体的所有诊断记录。

SELECT * FROM diagnoses_icd LIMIT 100;

（i）drgcodes（患者诊断类别表）

该表是住院的计费诊断类别组（DRG）代码。医院使用诊断类别组（DRG）来报销患者的住院费用。这些代码与患者住院的主要原因相对应。

SELECT * FROM drgcodes LIMIT 100;

（j）emar（患者服用药物表）

EMAR表用于记录单个患者服用某种药物的情况。该表中的记录由床边护理人员扫描与药物和患者相关的条形码填充。

SELECT * FROM emar LIMIT 100;

（k）emar_detail（给药详细信息表）

emar_detail表包含emar表中每种药物给药的信息。信息包括相关的药房订单、到期剂量、给药剂量以及与医疗管理相关的许多其他参数。

注意：每个eMAR订单有一行parent_field_ordinal为空：这一行通常包含给药所需的剂量。之后，如果有N个处方剂量，parent_field_ordinal 将取值“1.1”、“1.2”、…、“1.N”。最常见的情况是每种药物只有一个处方剂量。在这种情况下，emar_id在emar_detail表中有两行：一行parent_field_ordinal的值为NULL（通常提供到期剂量），另一行parent_field_ordial的值为“1.1”（通常提供实际给药剂量）。

SELECT * FROM emar_detail LIMIT 100;

（l）hcpcsevents（计费表）

住院期间发生的计费事件。包括CPT代码。

SELECT * FROM hcpcsevents LIMIT 100;

（m）labevents（患者化验测量表）

labelvents表存储单个患者的所有化验测量结果。这些包括血液学测量、血气分析、化学小组和不太常见的测试，如基因分析。

SELECT * FROM labevents LIMIT 100;

（n）microbiologyevents（微生物病原检测表）

微生物测试是一种常见的检查感染生长和评估哪种抗生素治疗最有效的程序。本表是患者在医院检测后标本微生物的检测结果。

SELECT * FROM microbiologyevents LIMIT 100;

（o）patients（患者信息表）

如果信息存在，该表会列出患者的性别、年龄和死亡日期。

SELECT * FROM patients LIMIT 100;

知识点：

（1）年龄怎么算。

以subject_id为10000032为例，anchor_year为2180，anchor_year_group为2014-2016，anchor_age为52。患者的2180年对应于2014-2016年，52岁。如果入院时间2185年，患者住院将发生在2019-2021年，此时，年龄为57岁。

2180，2014-2016，52

2185，？ ，？

52+(2185-2180)=57

（p）pharmacy（药房表）

药房表提供了有关为患者开具的已填充药物的详细信息。药房信息包括药物剂量、处方剂量数量、给药频率、用药途径和处方持续时间。

SELECT * FROM pharmacy LIMIT 100;

（q）poe（提供者订单输入表）

提供者订单输入（POE）是医院护理提供者输入订单的通用界面。大多数治疗和程序必须通过POE订购。医疗服务提供者作出的与病人护理有关的命令。

SELECT * FROM poe LIMIT 100;

（r）poe_detail（供应商补充信息表）

医院供应商订单的补充信息。

SELECT * FROM admissions LIMIT 100;

（s）prescriptions（处方药物表）

prescriptions表提供了有关处方药物的信息。信息包括药物名称、编码标识符，包括通用序列号（GSN）和国家药品代码（NDC）、产品强度、处方剂量和给药途径。

SELECT * FROM prescriptions LIMIT 100;

（t）procedures_icd（患者手术记录表）

在医院的常规护理过程中，患者接受的手术由医院收费。该表包含患者在住院期间使用ICD-9和ICD-10本体的所有手术记录。

SELECT * FROM procedures_icd LIMIT 100;

（u）services（患者医疗服务表）

services表记录了患者接受的服务。每项服务都以缩写形式列在表中——这正是数据存储在医院数据库中的方式。

注意：虽然患者可以在特定的ICU类型（比如MICU）进行物理定位，但他们不一定由MICU的工作人员团队照顾。发生这种情况的原因有很多，包括床位短缺。

SELECT * FROM services LIMIT 100;

（v）transfers（患者周转信息表）

transfers表记录了患者住院期间的周转信息。

SELECT * FROM transfers LIMIT 100;